Sinon il existe des systèmes de backup mysql en shell, que tu peux exécuter à la main, ou tous les certains temps (cron).
Tu peux ainsi spécifier quelles tables tu veux sauvegarder, etc
J'ai fait un petit script shell pour mon serveur qui utilise ce principe et sauvegarde l'archive en gpg chiffré symétriquement.
Si ca peux intéresser certains :
c'est par ici