Un serveur SQL (p.e. : MySQL) expose un service de stockage des données.
En tant que utilsateur de ce service, comme quasiment toutes les serveices qui tournent sur ton serveur, tu te connecte (tes scripts, tes programmes) à l'adresse IP interne (ou un 'socket') de ton serveur : 127.0.0.1 (IPv4) ou ::1 (IPv6) ou 'localhost'.
Pour MySQL, la porte est : 3306 (par défaut, mais choisi lui qui te plait dans /etc/mysql/my.cnf).
En suite, toi (== tes scripts, programmes) doivent savoir 'parler' MySQL - un sorte de langauge-instrcution pour extraire et dépsoer les données dans tes bases SQL.
Savoir comment c'est stocké et géré tout ça (dans des fichiers sur le disque dur bien sur ) je t'invite te regarder la source de MySQL (TRES instructif) .... oops, trop tard, il faut utiliser le clone libre : MariaDB
https://mariadb.org/
Mais sich à raison : PERSONNE devrait 'toucher' au données internes de MySQL - comme on touche pas non lus au queue mail interne de postfix, etc.
Pour avoir un vu bien clair :: installe phpmyadmin sur ton serveur ......